Ngày 10 tháng 6 năm 2016, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Nguyễn Văn Phong ký phê duyệt Quyết định số 659/QĐ-UBND về việc Phê duyệt Quy hoạch tổng thể bảo quản, tu bổ, phục hồi Cụm di tích Chùa Dạm - Chùa Hàm Long.[14] Căn cứ theo Quyết định đó, khu vực chùa Hàm Long được chia thành 2 phân khu bảo vệ:

• Khu vực bảo vệ 1 rộng 0,98 ha được xác định là toàn bộ khuôn viên chùa hiện nay và khu vườn tháp cổ thời phong kiến. Với tinh thần là sẽ được giữ nguyên trạng và tu bổ, sửa chữa nhũng hư hỏng, xuống cấp nhưng phải tuyệt đối tuân thủ nguyên tắc bảo tồn di tích. Một số hạng mục cần tu bổ như: Tam quan, nhà trai, hành lang nối giữa nhà Tổ với đền thờ Nguyên phi Ỷ Lan và nhà Tam bảo,...
• Khu vực bảo vệ 2 rộng 1,61 ha là khu vực tiếp giáp, phía trước chùa được quy hoạch xây dựng mới để phát huy giá trị di tích gồm: tam quan nội, tam quan ngoại, bãi đỗ xe, hồ cảnh quan,... và hệ thống đường giao thông tiếp cận.